Contabilidad Analítica (registro de gastos e ingresos)

Mi duda es la siguiente, acabo de abrir una contabilidad analítica y es la primera vez que la uso, así que tengo una duda quizás un poco ridícula.
Trabajo en una asociación y funcionamos por subvenciones así que he abierto un departamento por cada subvención y los proyectos correspondientes a cada gasto dentro de cada subvención, pero hay veces que tengo el caso de que un proyecto puede ser tanto un gasto como un ingreso y no sé si tengo que contabilizarlos por separado o dentro del mismo proyecto. No sé si me he explicado con claridad pero espero que me echeis una manilla, gracias.